1. Lãnh đạo Sở
- Giám đốc: Vũ Quang Thắng
- Phó Giám đốc: Trần Văn Cường
- Phó Giám đốc: Trần Thị Hồng Hạnh
- Phó Giám đốc: Nguyễn Xuân Bắc
2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở
- Văn phòng Sở;
- Thanh tra Sở;
- Phòng Kế hoạch - Tài chính - Tổng hợp;
- Phòng Quản lý Thương mại;
- Phòng Quản lý Công nghiệp;
- Phòng Quản lý Năng lượng;
3. Đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở
- Trung tâm Khuyến công và Xúc tiến thương mại Hưng Yên.